Heredote, le père de l'Histoire qui naquit à Bodrum en 484 Av.j.c. écrit que Bodrum fut fondée par des Doriens. Les Cariens et les Lélèges succédèrent aux Doriens. Au 6e siècle Av.j.c. la région passa sous la domination des Perses. Aux environs de 353 Av.j.c. Bodrum devint la capitale de la Satrapie de Carie et connut une période d'éclat. A cette époque elle devint fameuse pour son commerce et la construction de bateaux. La reine, Artémis qui fut aussi une guerrière, joua un grand role dans la protection de l'Union Asiatique et elle devint fameuse en se battant contre Rhodes en tant qu'amiral de la flotte carienne en 480 Av.j.c.

Au cours de la 1ere moitié du IVe siécle Av.j.c Hecatomnos qui descendait de la dynastie Mylasa, fut roi de la Carie. A sa mort, son fils Mausole lui succeda et transfera sa capitale à Halicarnesse, qui le restera longtemps. A sa mort, son épouse et soeur Artémise II prit sa succession, et poursuivit l'érection de mausolée, le tombeau de son frère, qu'il avait lui même entrepit de son vivant. En 334 Av.j.c. Alexandre le Grand prit la cité et la donna à la fille d'Hecatomnos, Ada, qu'il aimait. Plus tard et selon les circonstances la cité passa sous l'autorité Egyptienne puis Romaine.

Au cours des Croisades la ville s'aillia à Byzance puis à la Principauté de Mentese. En 1415 le Sultan Ottoman Çelebi Mehmet autorisa les chevaliers de Rhodes à s'installer a Halicarnesse où ils vécurent pendant 120 ans. Après la conquête de Rhodes par Suleyman la Magnifique en 1523 les chevaliers de Rhodes quittèrent la forteresse de Saint-Pierre qui avait été reconstruite par eux en 1522, et Halicarnasse tomba sous la domination turque. (Le chateau de Saint Pierre a été nommé "Petrum". Le nom "Bodrum" a été crée par les turcs à cause de la deformation de la prononciation de Petrum.)